EvaGreen® 染料在光谱上与 FAM 或 SYBR® Green I 相似，这意味着使用基于 EvaGreen® 的预混液无需更改光学设置。但是，染料之间存在一些差异。

较低的背景荧光： EvaGreen® 染料由于其新颖的“按需释放”DNA 结合机制，比 SYBR® Green I 具有更少的背景。

更明亮且无抑制性：   EvaGreen® 在 PCR 反应中的抑制性低于 SYBR® Green，允许使用饱和染料浓度以获得最大信号和更好的高分辨率 DNA 熔解分析。

更安全、更环保：  EvaGreen® 染料是迄今为止第一种也是唯一一种对环境安全的 PCR 染料。

染料稳定性：  EvaGreen® 染料在储存期间和 PCR 条件下都非常稳定。另一方面，众所周知，SYBR® Green I 在多次冻融循环后和 PCR 条件下会降解。此外，据报道，分解的 SYBR® Green I 对 PCR 的抑制作用更大。

数字 PCR：  EvaGreen® 染料是目前唯一用于液滴数字 PCR (ddPCR) 的 qPCR 染料。