当使用大量 FFPE 提取的模板 DNA 时，通常会观察到 PCR 抑制。这种抑制通常不是由于污染物的存在，而是由于 DNA 本身残留的化学修饰和损伤造成的。对 PCR 协议进行几个简单的调整可以解决这个问题。首先，应减少模板 DNA 的量。其次，PCR 聚合酶的量应增加 2-4X。第三，延长退火和延伸时间。第四，可以增加 dNTP 的量。

Dietrich 等人对这个问题进行了深入讨论 。(2013), PLoS ONE 8(10): e77771。