FFPE 衍生的 RNA 比从新鲜样品中获得的 RNA 更难以准确定量。仅仅知道存在的 RNA 的绝对量是不够的，还要知道 RNA 是否会在下游应用中发挥作用，这取决于以下因素：

• 片段大小分布：5 µg 样本（由 Qubit 测量）如果包含 < 200 nt 的片段，则对 RNA-Seq 可能无用。

• 化学修饰：对于从福尔马林固定样品中获得的 RNA，各种化学加合物和交联，包括碱基修饰、碱基-碱基交联和碱基-蛋白质交联，可以使核酸分子无法接触酶，因此在下游应用中失去活性。

• 污染：纯化过程中使用的细胞碎片、蛋白质、盐和去污剂可能会影响下游分析。例如，基于 UV/Vis 的方法（如 Nanodrop）特别容易受到在 200-280 nm 范围内吸收的污染物的影响。

• 基于荧光的方法（如 Qubit）容易出现重大错误。当处理低浓度的 DNA 或 RNA 时，基于染料的检测可能不是线性的。还必须注意 RNA 样品中基因组 DNA 的污染，因为用于荧光定量的染料并非完全特异性针对 FFPE 衍生的 DNA 或 RNA。

• 定量 PCR 是对严重受损和修饰的核酸进行定量的首选方法。