GelRed® 和 GelGreen® 之间的主要区别在于它们的荧光激发和发射波长。GelRed® 具有红色荧光，类似于溴化乙锭。GelGreen® 具有绿色荧光，类似于 SYBR® Green 或 SYBR® Safe。两种染料都与标准的紫外透照仪兼容。GelGreen® 还与蓝光透照仪兼容，让用户避免将自己和他们的 DNA 样本暴露在紫外线辐射下。

GelRed® 和 GelGreen® 对双链核酸的灵敏度高于单链核酸，但 GelRed® 对单链核酸染色的灵敏度高于 GelGreen®。与单链核酸相比，GelRed® 对双链核酸的灵敏度大约是单链核酸的两倍，而对单链核酸染色的灵敏度是 GelGreen® 的大约五倍。

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