染料稳定性通常包括三个方面：1）染料核心结构的化学稳定性；2）反应基团的稳定性；3) 染料的光稳定性。

染料核心结构的化学稳定性：

这是指染料核心结构对由光漂白以外的因素引起的分解的抵抗力。这些因素可能包括温度、pH 值以及与介质中其他化学物质的不相容性。这种类型的稳定性信息对于估计已经共价连接到另一个分子（例如抗体）的染料的保质期或评估染料在某些应用中的化学相容性最有用。CF® 染料具有香豆素、芘、罗丹明或花青染料的核心结构，众所周知，所有这些都具有出色的化学稳定性。一般来说，CF® 染料比它们标记的抗体稳定得多。因此，如果 CF® 标记的抗体在储存期间失去活性，则问题不太可能是由染料引起的。

反应基团的稳定性：

反应性 CF® 染料包含用于生物偶联的反应基团。在各种反应性基团中，只有胺反应性琥珀酰亚胺酯 (SE) 和硫醇反应性马来酰亚胺基团不稳定，因为包装小瓶中残留或泄漏的少量水分会随着时间的推移导致反应性基团水解。SE 组尤其容易降解。因此，为了减缓降解，包含这些反应基团的 CF® 染料必须在 -20°C 的无水条件下储存。此外，染料的储备溶液必须使用干燥溶剂（例如无水 DMSO）制备。CF® Dye SE 产品相对于其他商业染料的优势之一是它们的稳定性相对较高。通常，SE基团可以衍生自脂肪族或芳香族羧酸基团，但脂肪族羧基往往会产生更稳定的 SE，提供更高的抗水解性，从而提高标记效率。所有 CF® SE 染料的 SE 基团都源自脂肪族羧酸基团，这与许多通常由芳香族羧酸基团制备的市售 SE 染料不同。

耐光性：

这是指染料承受光漂白的能力。对于大多数染料，光稳定性对于环境光下的常规处理或应用（如流式细胞术和蛋白质印迹，其中染料仅短暂暴露在光下）不是主要问题。然而，对于显微镜，尤其是共聚焦显微镜，染料可能会长时间受到强烈照射，因此光漂白可能是一个主要问题。与其他荧光染料的光稳定性类似，染料核心结构和与其相连的结构修饰基团都对 CF® 染料的光稳定性起作用。CF® 染料具有罗丹明、花青、芘或香豆素染料的核心结构；在四种核心结构中，罗丹明核心最耐光，其次是花青，然后是芘和香豆素核心。结构修饰基团及其与染料核心的连接方式是 CF® Dye 技术的一个关键创新方面，有助于 CF® Dyes 优于其他商业染料的光稳定性。一般来说，基于罗丹明的 CF® 染料的波长范围从可见光到近红外区域，具有最佳的光稳定性，使该染料成为显微镜应用的理想选择。