基于罗丹明的 CF® 染料（指定为 R）通常比基于花青的等效物（指定为 C）具有更好的光稳定性，但荧光更弱。因此，基于罗丹明的近红外 CF® 染料是显微镜的更好选择，而基于花青的 CF® 染料更适用于流式细胞术、蛋白质印迹和其他光漂白不太受关注的应用。另一个要考虑的因素是染料的大小。一些基于花青的近红外 CF® 染料比基于罗丹明的等效染料大得多。对于抗体标记，两种版本的 CF® 染料均适用。然而，对于染料尺寸可能导致空间问题的应用，较小的染料可能是更好的选择。