CF® 染料的确切化学结构目前处于保密状态，但将在稍后获得待批专利时全面披露。一般而言，CF® 染料的结构可分为两部分：a) 染料核心结构（即定义染料颜色或吸收/发射波长的芳香环骨架），以及 b) 核心结构修饰元素。目前，CF®染料的核心结构为香豆素、芘、罗丹明或花青染料。蓝色荧光 CF® 染料基于香豆素或芘染料核心结构，而绿色至近红外 CF® 染料基于花青或罗丹明染料核心结构。核心结构修饰元素是指核心结构的各种化学附件，是 CF® 染料发明的一个关键方面，它使 CF® 染料优于其他商业染料。