大多数CF染料带1-2负电荷，而少数青色素为基础的近红外CF染料带3-4负电荷。然而，带更多负电荷的染料拥有独特的结构特点，能够隐蔽负电荷，从而染料结合的像抗体这样的生物分子因为过多的负电荷而不会失去特异性。