CF染料稳定性有3个方面：1）染料核心结构的化学稳定性；2）活性基团的稳定性；3）染料的耐光性。

CF染料涵盖香豆素、芘、罗丹明、花青染料的核心结构，所有的这些都具有卓越的化学稳定性。一般来说，染料都会比它所结合的抗体或者生物分子更加稳定。CF染料在用于PCR或者核算分子杂交等需要高温的情况下标记核酸也具有足够的稳定性。

活性CF染料用于生物偶联是包含活性基团。在这么多活性基团中，只有胺活性琥珀酸亚胺酯（SE）和硫醇活性马来酰亚胺基团对水解敏感，因此是水分敏感。CF染料的SE产品相对于其它商业SE染料更加稳定。这是因为CF SE染料源自于脂肪族羧酸组，从而比SE形式更加稳定。然而其他商业用SE染料通常源自于芳香羧酸组，比SE形式不稳定。

耐光性指的是染料抵抗光漂白的能力。是当染料经受一段时间强烈的光照，例如在使用共聚焦显微镜时，耐光性是一个主要考虑的问题。在核心结构的4种类型中，罗丹明是最不感光的，其次是青色素、芘、香豆素。结构修饰基团和其附属于染料核心的方式是CF染料技术重要的创新方面，使得染料比其他商业染料具有卓越的耐光性。一般来说，罗丹明为基础的CF染料，它的波长范围从绿色到近红外区域，具有最好的耐光性，是显微镜应用的最佳选择。