Marker的加样量：marker有一个推荐浓度范围，选择最高的，样品与Marker含量差别大, 也会造成条带错误（这不会是染料的问题，用EB也会存在该问题）。正确的DNA上样量是条带清晰的保证。Marker应该选择在目标片段大小附近的梯带较密的，这样比对才准确。另外注意的是，Marker的电泳条件也要符合DNA电泳的操作标准: 如果选择λDNA/EcoR I的酶切marker，需要预先65℃加热5min，冰上冷却后使用。从而避免Hind Ⅲ或EcoR I酶切造成的粘性接头导致的片段连接不规则或条带信号弱等现象。

凝胶不平整：梳子不干净有污染，加样孔不平整也会影响图的效果；

电泳条件：电压不稳，电泳时间不超过1h。电压过高，会导致小片段跑出胶，出现条带缺失现象。

缓冲液：TBE的缓冲能力更强，如果缓冲液缓冲性能下降，会导致DNA电泳条带模糊，不规则迁移等。TAE建议换成TBE效果更好。另外建议配胶时的缓冲液和电泳缓冲液是同时配制。

染色剂：GelRed（312nm激发UV成像）无毒，性价比高，灵敏度比传统EB高10倍以上，注意观察凝胶时应根据染料不同，使用合适的光源和激发波长，如果激发波长不对，条带出现模糊等情况。